上海科学院研究所包括经济研究所、应用经济研究所、世界经济研究所、国际问题研究所、法学研究所、政治与公共管理研究所、中国马克思主义研究所（马克思主义学院）、社会学研究所、城市与人口发展研究所、生态与可持续发展研究所、宗教研究所、文学研究所、历史研究所、哲学研究所、信息研究所、新闻研究所、世界中国学研究所；直属研究中心包括人力资源研究中心、政府绩效评估研究中心、长三角与长江经济带研究中心、上海品牌发展研究中心、软实力研究中心、数量经济研究中心、生态经济与可持续发展研究中心、市值管理研究中心。

马萧萧论文在《现代国际关系》发表，冯莉、谢晓川论文在《马克思主义与现实》发表，成素梅论文在《华东师范大学学报(哲学社会科学版)》发表，贾婷月论文在《财政研究》发表，赵翠翠论文在《世界宗教研究》发表，程飞鸿论文在《中国人口·资源与环境》发表，顾炜论文在《现代国际关系》发表，王振、范佳佳等新著《数字化绿色化协同发展研究》出版，顾炜论文在《世界经济与政治》发表，邵建论文在《学术月刊》发表，白照杰论文在《宗教学研究》发表，胡俊论文在《学术月刊》发表，权衡论文在《中共中央党校(国家行政学院)学报》发表，万勇论文在《复旦学报》发表，张树平论文在《政治学研究》发表，许明理论专著《认知美学》出版，中国马克思主义研究所著《气象峥嵘——上海文化改革发展访谈录》出版，中国马克思主义研究所著《中国共产党创建研究》出版，程海烨、王健论文在《现代国际关系》上发表，薛泽林等论文在《中国行政管理》上发表，叶成城等论文在《复旦学报(社会科学版)》上发表，黄凯锋、陈祥勤等著《中国特色马克思主义理论学术体系研究》出版，张茗论文在《现代国际关系》上发表，姚建龙 李建伟等著《新时代中国特色社会主义法治基本问题研究》出版，刘杰等著作《党风廉政建设：新时代、新挑战、新使命》出版，张树平、刘杰等著作《全过程人民民主与新型民主形态研究》出版，沈桂龙 周武等著《世界中国学导论》出版，王健等著《区域国别学研究导论》出版，柯静著《重构中的多边贸易体系》出版，薛泽林著《人才政策评估的数字化方法》出版，王振、胡雯、陈程著 《长三角人才一体化发展研究》出版，胡志勇著《印度发展研究——基于印度经济、社会与文化等视角》出版，毕旭玲著《新江南文化建构与上海新城建设——以奉贤新城为例》出版，张群著《“一带一路”国别研究报告.印度尼西亚卷》出版，曹祎遐著《融合创新：长三角文旅高质量发展新使命》出版，张茗著《主宰终极高地 美军太空作战探索》出版，熊月之著《魔都上海的魔力与魔性》出版，杨凡等论文在《资源科学》上发表，夏蓓丽著《中国地方政府数据开放的政策工具选择研究》出版，芮传明著《摩尼教非汉语文书研究》出版，轩传树等论文在《当代世界与社会主义》上发表，魏翊论文在《世界经济与政治》发表，马双、汪怿论文在《中国人口科学》上发表，王健论文在《现代国际关系》上发表，余建华等著《“一带一路”国别研究报告·埃及卷》出版，黄凯锋著《马克思主义价值论》出版，郭进著《智能化背景下传统制造企业转型升级问题研究》出版，张茗论文在《现代国际关系》上发表，马萧萧论文在《现代国际关系》上发表，戴丽娜论文在《国外社会科学》上发表，俞丽霞论文在《哲学动态》上发表，刘锦前等著《“一带一路”国别研究报告·巴基斯坦卷》出版，黄海波等论文在《世界宗教文化》发表，轩传树等论文在《当代世界与社会主义》上发表，彭枭论文在《外交评论》上发表，崔宏伟论文在《当代世界与社会主义》上发表。